Een waterschap bestaat uit diverse bestuurorganen en een uitvoerende organisatie.
De bestuursorganen van Wetterskip Fryslân zijn:
Beide besturen en de adviescommissie AFW worden voorgezeten door de dijkgraaf. De loco-dijkgraaf, de heer R. de Jong, zit de adviescommissie WW voor. De dijkgraaf wordt voor een periode van zes jaar benoemd door de Kroon. Hij is voorzitter van zowel het algemeen als dagelijks bestuur. In het algemeen bestuur stemt hij niet mee. In het dagelijks bestuur heeft hij wel stemrecht. Naast een aantal specifieke taakvelden heeft hij ook een coördinerende taak.
De uitvoerende organisatie van Wetterskip Fryslân is weergegeven in het organogram (rechts downloadbaar).
De secretaris-directeur staat, samen met de adjunct-directeur, aan het hoofd van de organisatie. De SD staat daarnaast zowel het algemeen bestuur als het dagelijks bestuur bij in de uitoefening van hun taak. Hij is aanwezig bij de vergaderingen van zowel het algemeen als dagelijks bestuur. Hij wordt benoemd door het algemeen bestuur.